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Méthodologies (sous-types versus clades)
Mise en situation
La méthodologie classique pour décrire les différents virus influenza est encore souvent basées sur la description des sous-types de virus (H?N?). Par exemple les rapports trimestriels du RAIZO (Québec) et ceux du CSHIN|RCSSP (Canada) utilisent encore cette méthodologie pour rapportés la diversité des souches au Québec et au Canada (voir un exemple du tableau inclus dans un rapport RAIZO du MAPAQ).
Depuis quelques années, il y a eu des initiatives qui permettent maintenant de bonifier la classification des virus influenza porcin. Cette classification est basée sur le séquençage du gène HA (≈ 1700 bases) et elle est utilisée par plusieurs laboratoires américains et canadiens.
Cette initiative de classification des virus s'inscrit dans la démarche d'un consortium international qui relève de l'organisation mondiale de la santé animale (OIE). Ce consortium a été mis sur pied pour donner suite à la dispersion du virus porcin pandémique en 2009.
Réseau scientifique mondial OIE/FAO pour le contrôle des grippes animales (OFFLU)