Le format FASTA est constitué d'un minimum de deux lignes. La ligne 1 décrit la séquence en commençant par le signe '>' suivi par d'autres informations tel que l'identifiant de la séquence. Le fichier FASTA qui contient la séquence peut avoir deux lignes (voir exemple A) ou plusieurs lignes (voir exemple B). L'outil de Classification des Virus Influenza Porcins (OCVIP) du CDPQ gère correctement ce types de formats.

Exemple A: la séquence de virus est sur une seule ligne

>Identifiant
ATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTTATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTT

Exemple B: la séquence de virus est sur plusieurs lignes

>Identifiant
ATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTT
ATCATGCGAATAATTCAACTGACACTGTTGATACAGTCTTAGAAAAGAATGTAACAGTAACACACTCTGT
CAACCTTCTAGAAGACAAACATAATGGGAAATTATGCAAACTAAGGGGAAAAGCCCCATTGTACTTGGGT
AAATGTAACATTGCTGGATGGCTTTTGGGAAACCCAGAGTGTGAATTACTATTCACAGTAAGCTCATGGT
Etc.

Références

• Format FASTA tel que défini sur Wikipédia
• Format FASTA tel que défini par National libray of Medicin