classification_virus20192023
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Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 dans Octoflu (2019-2023)
Le nom des clades rapportés dans cette page sont ceux qui étaient inclus dans la base de données de référence de l'outil Octoflu entre 2019 et 2023 1).
Le premier nom correspond à l'identification du virus utilisé par le Canada, les États-Unis et le Mexique (Nom_CÉM). Le nom entre parenthèses est un système utilisé dans d'autres parties du monde tel que la communauté européenne (Nom_EU). Vous trouverez plus d'informations sur la page Clades et lignées.
Cette classification représente les clades présent dans la jeu de données de référence de l'outil OctoFLU entre 2019 et 2023. Dans le jeu de données plus récent, il y a eu quelques changements de nom (ex: clade alpha-3 devient le clade alpha-del). Le système de classification actuel est accessible sur la page classification OctoFlu (2023 -).
| Nom_CÉM (nom_EU) | Nom_CÉM (nom_EU) | |
|---|---|---|
| 1 | H1 alpha (1A.1.1) | H3 Cluster I «C_I » (3.1990.1) |
| 2 | H1 alpha2 (1A) | H3 Cluster IV «C_IV » (3.1990.4) |
| 3 | H1 alpha3 (1A.1.1) | H3 Cluster IVA «C_IVA » (3.1990.4.1) |
| 4 | H1 alpha3a (1A.1.1) | H3 Cluster IVB «C_IVB » (3.1990.4.2-3) |
| 5 | H1 beta (1A.2) | H3 Cluster IVC «C_IVC » (3.1990.4.4) |
| 6 | H1 delta1 (1B.2.2.2) | H3 Cluster IVD «C_IVD » (3.1990.4.5) |
| 7 | H1 delta2 (1B.2.1) | H3 Cluster IVE «C_IVE » (3.1990.4.6) |
| 8 | H1 delta-like (Other-Human-1B.2) | H3 Cluster IVF «C_IVF » (3.1990.4.7) |
| 9 | H1 gamma (1A.3.3.3) | H3 >2010-human_like (3.2010.1) |
| 10 | H1 gamma2 (1A.3.2) | H3 >2016-human_like (3.2010.2) |
| 11 | H1 pdm (1A.3.3.2) | |
| 12 | H1 pdm-vaccine (1A.3.3.2) | |
1)
Chang, J., Anderson, T.K., Zeller, M.A., Gauger, P.C., and Vincent, A.L. (2019). “octoFLU: Automated classification to evolutionary origin of influenza A virus gene sequences detected in U.S. swine” Microbiology Resource Announcements 8(32), e00673-19. L'outil est disponible en mode «Open Source» sur GitHUB.
classification_virus20192023.1695672291.txt.gz · Dernière modification : 2023/09/25 16:04 de Christian Klopfenstein