Différences

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--- methodologie_portrait [2020/08/27 16:49] – Christian Klopfenstein
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-===== Méthodologies (sous-types versus clades OFFLU) =====
+===== Classification des virus (H1|H3) =====
-Le portrait de la circulation des virus influenza est présentement réalisé à tous les trois mois par le MAPAQ.  la classification retenues par le MAPAQ est limité aux sous classes des virus de types A (H1N1 (fréquent), H3N2 (fréquent), H1N2 (plus fréquent), H3N1 (très rare) et le H1N1 pandémique (occasionnel). [[accueil#rapport_raizo_mapaq_octobre_a_decembre_2019_rapport_classique | Voir exemple d'un rapport classique]].
+==== Méthodes des sous-types (H|N) ====
+La méthodologie classique pour décrire les différents virus influenza porcin est encore souvent basée sur la description des sous-types de virus "H" et "N" [[virus_influenza#sous_types_de_virus_influenza_h_n|(voir la section sur les sous-types de virus)]]. Par exemple les rapports trimestriels du RAIZO (Québec) et ceux du CSHIN|RCSSP (Canada) utilise encore cette méthodologie pour rapporter la diversité des souches au Québec et au Canada ([[rapport_raizo|voir un exemple du tableau inclus dans un rapport RAIZO du MAPAQ]]).
-Depuis quelques années, il y a eu plusieurs initiatives qui permettent maintenant de bonifier la classification des virus influenza porcin. Cette classification est basée sur le séquençage du gène HA (≈ 1700 bases) et elle est utilisée par plusieurs laboratoires américains et canadiens.
+==== Méthode des clades Nord-Américains pour les H1 et les H3 ====
-  * [[accueil#portrait_des_virus_influenza_h1n_2016-2020_clades_h1_offlu | Voir exemple rapport clades H1]]
+Cette classification est basée sur le séquençage du gène HA (≈ 1700 bases) et elle est utilisée par plusieurs laboratoires américains et canadiens. Ce système de classification des virus influenza porcins s'inscrit dans la démarche d'un consortium international qui relève de l'Organisation mondiale de la Santé animale (OIE). Ce consortium a été mis sur pied pour donner suite à la dispersion du virus porcin pandémique en 2009.
-  * [[accueil#portrait_des_virus_influenza_h3n_2016-2020_clades_h3_offflu | Voir exemple rapport clades H3]]
-Cette initiative de classification des virus s'inscrit dans la démarche d'un consortium international qui relève de l'organisation mondiale de la santé animale (OIE). Ce consortium a été mis sur pied pour donner suite à la dispersion du virus porcin pandémique (2009).
 [[http://www.offlu.net/|Réseau scientifique mondial OIE/FAO pour le contrôle des grippes animales (OFFLU)]]
+----
+===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====
+^  ^Clade H1^Clade H3^
+|1|H1-α|Human-like H3|
+|2|H1-β|Cluster IV|
+|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
+|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
+|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
+|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
+|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
+|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
+|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
+|10|  |H3-2010.2|
+|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|
+=== Références pour les clades H1 et H3 ===
+**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H1**
+Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.
+[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16))\\
+[[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682218300436|Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States (2018)]]
+((Rajao DS, Anderson TK, Kitikoon P, Stratton J, Lewis NS, Vincent AL. Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States. Virology. 2018;518:45-54. doi:10.1016/j.virol.2018.02.006))
-===== Rapport RAIZO (MAPAQ), octobre à décembre 2019, rapport classique =====
+**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H3**
-Données sur l'influenza provenant du MAPAQ, de la FMV, de Biovet et de Demeter pour le trimestre d'octobre à décembre 2019 ((Rapport trimestriel pour le réseau porcin, Trimestre d’octobre à décembre 2019, MAPAQ)).
+[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071/|Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016 (2019)]]
+((Walia RR, Anderson TK, Vincent AL. Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016. Influenza Other Respir Viruses. 2019;13(3):262-273. doi:10.1111/irv.12559))
-^  ^  Octobre  ^  Novembre  ^  Décembre  ^  TOTAL  ^  Trimestre précèdent  ^
-|Positifs Influenza A*|  57  |  55  |  44  |  156 (36%)  |  60 (24%)  |
-|Positif H1N1 pandémique|  1  |  0  |  0  |  1  |  3  |
-|Positif H1N1 classique|  13  |  5  |  6  |  24  |  33  |
-|Positif H1N2|  1  |  3  |  0  |  4  |  0  |
-|Positif H1§|  8  |  15  |  15  |  38  |  38  |
-|Positif H3N2|  15  |  15  |  9  |  39  |  42  |
-|Positif H3§|  12  |  12  |  2  |  26  |  21  |
-|Positif H1 et H3§|  2  |  0  |  0  |  2  |  0  |
-|Positif N1|  3  |  2  |  1  |  6  |  0  |
-|Positif N2|  2  |  1  |  0  |  3  |  0  |
-|Non sous-typé|  6  |  4  |  11  |  21  |  51  |
-^Négatif Influenza A^  85  ^  102  ^  90  ^  277 (64%)  ^  195 (76%)  ^
-^Nombre total de demandes d’analyse^  142  ^  157  ^  134  ^  433 (100%)  ^  255 (100%)  ^
-|*Il est possible que plus d’un type d’influenza soit détecté à partir d’une même soumission.||||||
-|§ Pour certaines soumissions positives, seule l’analyse pour déterminer le type de H est affectée.||||||
 ----
-===== Portrait des virus influenza H1N?, 2016-2020, Clades H1 (OFFLU) =====
+===== Système de classification automatisé des séquences du virus influenza porcin (Octoflu) =====
+Ce système de classification automatisé permet de classer les séquences de différents gènes des virus influenza dans différents arbres phylogénétiques (H1, H3, M, N1, N2, NP, NS, PA, PB1 et PB2). Le code source de l'outil octoflu est accessible à tous sur [[https://github.com/flu-crew/octoflu|GitHub]] et sur [[https://hub.docker.com/r/flucrew/octoflu|hub.docker]].
-^  Laboratoires du Quebec (2018 -2020)  ^^^^^^
+[[https://mra.asm.org/content/8/32/e00673-19|Octoflu: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine (2019)]] ((Chang J, Anderson TK, Zeller MA, Gauger PC, Vincent AL. octoFLU: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine. Microbiol Resour Announc. 2019;8(32):e00673-19. Published 2019 Aug 8. doi:10.1128/MRA.00673-19))
-^  ^^  Clades H1 (offlu)  ^^^^
-^  ^  Total (n)  ^  H1 α  ^  H1 β  ^  H1 pdm09  ^  Autres*  ^
-|A|  52  |  6  |  37  |  9  |  0  |
-|B|  44  |  0  |  33  |  11  |  0  |
-|C|  87  |  6  |  61  |  20  |  0  |
-^Total (QC)^  183  ^  12  ^  131  ^  40  ^  0  ^
-^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^
-|QC|  17  |  0  |  17  |  0  |  0  |
-|ON|  132  |  52  |  56  |  24  |  0  |
-|MB|  32  |  30  |  0  |  2  |  0  |
-^Total (Canada)^  181  ^  82  ^  73  ^  26  ^  0  ^
-|  * Autres (H1-γ1, H1-γ2, H1-δ1a, H1-δ1b, H1-δ2, H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué))  ||||||
 ----
-===== Portrait des virus influenza H3N?, 2016-2020, clades H3 (OFFFLU) =====
+===== Outils de classification accessibles en lignes =====
-^  Laboratoires du Quebec (2018 -2020)  ^^^^^^^
+**ISU Fluture**
-^  ^  ^  Clades H3 (offlu)*  ^^^^^
+Cet outil est disponible en ligne sur le site de Iowa State University. Cet outil permet de classifier les séquences de la protéine HA des sous-types H1 et H3 des virus influenza porcin.
-^Laboratoire^Total (n)^  Cluster IV  ^Cluster IV.b ^Cluster IV.c^Cluster IV ? (<96%) ^H3N2 human-like ^
-|A|  47  |  0  |  33  |  0  |  13  |  1  |
+[[https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php | HA Identity tool]]
-|B|  48  |  8  |  29  |  11  |  0  |  0  |
-|C|  77  |  0  |  43  |  4  |  30  |  0  |
-^Total (QC)^  172  ^  8  ^  105  ^  15  ^  43  ^  1  ^
-^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^^
-|QC|  26  |  0  |  25  |  0  |  0  |  1  |
-|ON|  61  |  22  |  39  |  0  |  0  |  0  |
-|MB|  25  |  7  |  18  |  0  |  0  |  0  |
-^Total (Canada)^  112  ^  29  ^  82  ^  0  ^  0  ^  1  ^
-|* Autres (Cluster IV-A, Cluster IV-D, Cluster IV-E, Cluster IV-F, H3-2010.1, H3-2010.2, H3-CI (vaccin vivant atténué))|||||||
+**Swine H1 Clade Classification Tool**
+Cet outil est disponible en ligne sur le site fludb.org. Cet outil permet de classifier les séquences de la protéine HA des sous-type H1 des virus influenza porcin.
+----