Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- format_fasta [2023/09/24 15:59] – Christian Klopfenstein
+++ format_fasta [2023/09/26 05:53] (Version actuelle) – Christian Klopfenstein
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
 ====== Format FASTA ======
-Le format FASTA est constitué d'un minimum de deux lignes.  La ligne 1 décrit la séquence en commençant par le signe '>' suivi par d'autres informations tel que l'identifiant de la séquence. Exemple:
+Le format FASTA est constitué d'un minimum de deux lignes.  La ligne 1 décrit la séquence en commençant par le signe '>' suivi par d'autres informations tel que l'identifiant de la séquence. Le fichier FASTA qui contient la séquence peut avoir deux lignes (voir exemple A) ou plusieurs lignes (voir exemple B). L'outil de Classification des Virus Influenza Porcins (OCVIP) du CDPQ gère correctement ce types de formats.
-  >Identifiant
-  XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX//
+**Exemple A: la séquence de virus est sur une seule ligne**
-  XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
+  >Identifiant
+  ATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTTATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTT
+**Exemple B: la séquence de virus est sur plusieurs lignes**
+  >Identifiant
+  ATGAAGGCAATATTGTTGGTCTTGCTACATACATTTGCAGCCACAAGTGCAGACACAATATGTGTAGGTT
+  ATCATGCGAATAATTCAACTGACACTGTTGATACAGTCTTAGAAAAGAATGTAACAGTAACACACTCTGT
+  CAACCTTCTAGAAGACAAACATAATGGGAAATTATGCAAACTAAGGGGAAAAGCCCCATTGTACTTGGGT
+  AAATGTAACATTGCTGGATGGCTTTTGGGAAACCCAGAGTGTGAATTACTATTCACAGTAAGCTCATGGT
+  Etc.
+**Références**
+  * [[https://fr.wikipedia.org/wiki/FASTA_(format_de_fichier)| Format FASTA tel que défini sur Wikipédia]]
+  * [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/fastaformat/| Format FASTA tel que défini par National libray of Medicin]]