===== Portrait de la circulation des virus influenza au Canada =====

===== Documents (rapports) Canadien =====
  * [[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2013-2016_roma_2017_berhane.pdf|201703 Swine Influenza Virus in Canada, OFFLU meeting in Rome, 2016Sequences]]
  * [[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2017-2019_paris_2019_berhane.pdf|201902 Swine Influenza Virus in Canada, OFFLU meeting in Paris, 2017-2029 Sequences]]
  * [[https://influenzaporcin.quebec/docs/ACIA%20(Winnipeg)/202400_CSHIN_CAHSS_CROSS-CANADA%20REPORT_INFLUENZA_SWINE_SEQ202307-202312.pdf|202400_CSHIN_CAHSS_CROSS-CANADA%20REPORT_INFLUENZA_SWINE_SEQ202307-202312]]
  * [[https://influenzaporcin.quebec/docs/ACIA%20(Winnipeg)/202404_Canada_OFFLU_SIV_Paris_France_SEQ2023-2024.pdf | 202404_Canada_OFFLU_SIV_Paris_France_SEQ2023-2024 ]]  

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===== Portrait des sous-types (HN) des virus influenza porcins =====

==== Extraction du rapport du CSHIN_CAHSS ====


[[https://influenzaporcin.quebec/docs/ACIA%20(Winnipeg)/202400_CSHIN_CAHSS_CROSS-CANADA%20REPORT_INFLUENZA_SWINE_SEQ202307-202312.pdf|202400_CSHIN_CAHSS_CROSS-CANADA%20REPORT_INFLUENZA_SWINE_SEQ202307-202312]]


{{:2024_influenza_cshin_cahss.png|}}


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===== Portrait cladistique des virus influenza H1N? (2016-2020) =====

^  Laboratoires du Québec (2018 -2020)  ^^^^^^
^  ^  Total (n)  ^  H1 α  ^  H1 β  ^  H1 pdm09  ^  Autres*  ^
|QC tous|  183  |  12  |  131  |  40  |  0  |
^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^
|QC|  17  |  0  |  17  |  0  |  0  |
|ON|  132  |  52  |  56  |  24  |  0  |
|MB|  32  |  30  |  0  |  2  |  0  |
^Total (Canada)^  181  ^  82  ^  73  ^  26  ^  0  ^
|  * Autres (H1-γ1, H1-γ2, H1-δ1a, H1-δ1b, H1-δ2, H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué))  |||||

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===== Portrait cladistique des virus influenza H3N? (2016-2020) =====

^  Laboratoires du Quebec (2018 -2020)  ^^^^^^
^Laboratoire^  Total (n)  ^  IV*  ^  IV.b   ^  IV.c  ^  H3N2 human-like   ^
|QC tous |  172  |  51  |  105  |  15  |  1  ^
^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^
|QC|  26  |  0  |  25  |  0  |  1  |
|ON|  61  |  22  |  39  |  0  |  0  |
|MB|  25  |  7  |  18  |  0  |  0  |
^Total (Canada)^  112  ^  29  ^  82  ^  0  ^  1  ^
|* Les virus influenza H3 identifiés au Québec et au Canada font tous partie du clade IV. Dans les années 1990, ce groupe a été redivisé en 6 sous-groupes IV.a,  IV.b, IV.c, IV.d, IV.e, IV.f. En 2020, plusieurs souches du groupe IV ne sont plus compatibles avec les sous-groupes a-f (< 96% d'homologie).  Bref, le sous-groupe IV* doit être interprété différemment des autres sous-groupes, car il contient tous les virus qui ne sont pas classifiables dans les sous-groupes IV.a -IV.f)||||||


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==== Rapports Canadien ====
  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/|voir ici]]).
  * Swine Influenza Virus Surveillance, séquences 2016 Q3 et Q4 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2013-2016_roma_2017_berhane.pdf|voir ici]]).
  * Swine Influenza Virus Surveillance, séquences 2016-2019 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2017-2019_paris_2019_berhane.pdf|voir ici]]).  


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