Virus Influenza Porcin (VIP), initiatives du Québec

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===== Portrait de la circulation des virus influenza (clades H1 et clades H3) =====
//**Ce portrait a été réalisé en 2019**//

L'équipe santé et biosécurité du CDPQ a demandé aux trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) de réaliser un portrait des différents clades de virus influenza, qui circulent dans les fermes du Québec, avec les données disponibles dans leur base de données respective. 
Pour maximiser la cohérence des propos, l'équipe du CDPQ a donné un cadre de travail pour préciser les attentes ([[methodeportrait|voir ici]]).  


Plus spécifiquement,
  * Faire une analyse de la diversité des souches Influenzas A (H1 et H3) en circulation dans les fermes porcines du Québec pour vérifier le nombre de clades et/ou souches qui devraient être incluses dans un éventuel vaccin provincial (régional). Le système de classification proposé par chaque laboratoire pourrait être celui qui est utilisé aux États-Unis ou un autre système.
  * Faire une analyse des sites antigéniques reconnus ou tous autres éléments reconnus dans la classification des souches.
  * Expliquer les grands principes du modèle retenus par le laboratoire pour comparer les clades et identifier les souches qui seraient éventuellement retenus pour faire un vaccin.  
  * Les données de séquençage de la partie HA des virus influenza A échantillonnés sur les fermes porcines du Québec et du Canada au courant des deux dernières années (2018 et 2019).
  * Chaque laboratoire pourra utiliser ses propres données et éventuellement inclure les séquences du Québec partagées sur les bases de données publiques 3) (à la discrétion de chaque laboratoire).    


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===== Portrait des virus influenza H1N? (2016-2020) =====

^  Laboratoires du Québec (2018 -2020)  ^^^^^^
^  ^^  Clades H1  ^^^^
^  ^  Total (n)  ^  H1 α  ^  H1 β  ^  H1 pdm09  ^  Autres*  ^
|A|  52  |  6  |  37  |  9  |  0  |
|B|  44  |  0  |  33  |  11  |  0  |
|C|  87  |  6  |  61  |  20  |  0  |
^Total (QC)^  183  ^  12  ^  131  ^  40  ^  0  ^
^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^
|QC|  17  |  0  |  17  |  0  |  0  |
|ON|  132  |  52  |  56  |  24  |  0  |
|MB|  32  |  30  |  0  |  2  |  0  |
^Total (Canada)^  181  ^  82  ^  73  ^  26  ^  0  ^
|  * Autres (H1-γ1, H1-γ2, H1-δ1a, H1-δ1b, H1-δ2, H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué))  |||||

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===== Portrait des virus influenza H3N? (2016-2020) =====

^  Laboratoires du Quebec (2018 -2020)  ^^^^^^
^  ^  ^  Clades (Cluster) H3  ^^^^
^Laboratoire^  Total (n)  ^  IV*  ^  IV.b   ^  IV.c  ^  H3N2 human-like   ^
|A|  47  |  13  |  33  |  0  |  1  |
|B|  48  |  8  |  29  |  11  |  0  |
|C|  77  |  30  |  43  |  4  |  0  |
^Total (QC)^  172  ^  51  ^  105  ^  15  ^  1  ^
^  Laboratoire de Winnipeg (2016-2019)  ^^^^^^
|QC|  26  |  0  |  25  |  0  |  1  |
|ON|  61  |  22  |  39  |  0  |  0  |
|MB|  25  |  7  |  18  |  0  |  0  |
^Total (Canada)^  112  ^  29  ^  82  ^  0  ^  1  ^
|* Les virus influenza H3 identifiés au Québec et au Canada font tous partie du clade IV. Dans les années 1990, ce groupe a été redivisé en 6 sous-groupes IV.a,  IV.b, IV.c, IV.d, IV.e, IV.f. En 2020, plusieurs souches du groupe IV ne sont plus compatibles avec les sous-groupes a-f (< 96% d'homologie).  Bref, le sous-groupe IV* doit être interprété différemment des autres sous-groupes, car il contient tous les virus qui ne sont pas classifiables dans les sous-groupes IV.a -IV.f)||||||


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===== Rapports des différents laboratoires =====

==== Rapports de l'ACIA (Canada) ====
  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/|voir ici]]).
  * Swine Influenza Virus Surveillance, séquences 2016 Q3 et Q4 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2013-2016_roma_2017_berhane.pdf|voir ici]]).
  * Swine Influenza Virus Surveillance, séquences 2016-2019 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/ACIA%20(Winnipeg)/swine_influenza_virus_surveillance_canada%20_2017-2019_paris_2019_berhane.pdf|voir ici]]).  


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==== Rapports Biovet (QC) ====
  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Biovet/|voir ici]])
  * Le rapport synthèse ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Biovet/portrait_influenza_quebec_biovet_2018-2020.pdf|voir ici]])
  * Tableaux d'homologies (clades et acides aminés) ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Biovet/matrices_identite_Biovet_tableaux_2_4_7_9_12_2018-2020.xlsx|voir ici]])
    * Tableau 2. Matrice d'identité des séquences nucléotidiques du gène H1
    * Tableau 4. Matrice d'identité des séquences d’acides aminés de l’hémagglutinine H1
    * Tableau 7. Matrice d'identité des séquences nucléotidiques du gène H3
    * Tableau 9.Matrice d'identité des séquences d’acides aminés de l’hémagglutinine H3
    * Tableau 12. Sélection de souches H3N2 possédant plus de 98% d’homologie au niveau de leurs séquences en acides aminés (groupes a à h) et 7 acides aminés critiques identiques (groupes I, II et IV)

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==== Rapports de Demeter (Québec) ====
  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/|voir ici]])
  * Le rapport synthèse, séquences 2017-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/portrait_influenza_quebec_demeter_2017-2020.pdf|voir ici]])
  * Une projection tridimensionnelle de la matrice de distance des épitopes (H1_QC)  ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/H1_QC_mds_2017-2020_mod.html|voir ici]]) 
  * Une projection tridimensionnelle de la matrice de distance des épitopes (H3_QC) ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/Demeter/H3_QC_mds_2017-2020_mod.html|voir ici]]) 

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==== Rapports de la FMV (Québec) ====
  * Tous les documents transmis ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/|voir ici]])
  * Le rapport synthèse, séquences 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/portrait_influenza_quebec_fmv_2018-2020.pdf|voir ici]])
  * Les arbres phylogénétiques 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/arbre_phylo_Influenza_figure%201_et_2.pdf|voir ici]])
  * Les matrices des clades 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/matrice_clades_tableaux_1_2.xlsx|voir ici]])
  * Les matrices des acides aminés 2018-2020 ([[https://cdpq02.ca/DOMinfluenza/docs/FMV/matrice_aa_tableaux_3_4_5.xlsx|voir ici]])

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