Virus Influenza Porcin (VIP), initiatives du Québec

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===== Acides aminés (∼ 550 aa pour ∼ 1700 nucléotides pour HA) =====

Les nucléotides (ATGC)((Chaque chaîne est composée d'une succession de nucléotides qui sont un assemblage de trois molécules : un groupement phosphate, un sucre (désoxyribose) et une base azotée. Les bases azotées sont au nombre de quatre : adénine (notée A), thymine (T), guanine (G), cytosine (C). [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Nucl%C3%A9otide]])) des gènes (ARN et ADN) contiennent le code pour la synthèse des acides aminés. Les nucléotides sont organisés en codons de trois nucléotides ((https://fr.wikipedia.org/wiki/Codon)). Chaque codons correspond à un seul acide aminés. Certains acides aminés sont associés à plus d'un codons qui seront alors décrits comme des codons synonymes.       

Pour simplifier les analyses des codes génétiques, les chercheurs de plusieurs disciplines transforment les codons (ARN ou ADN) en acides aminés. De plus, pour simplifier l'analyse, les différents acides aminés sont généralement représentés sous la forme d'une lettre [[influenza_aa#abreviation_pour_les_acides_amines_dans_les_analyses_de_sequences|voir le tableau de correspondance plus loin]].

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===== Acides aminés critiques pour H3 (Abente) =====

Deux laboratoires du Québec (Biovet et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Abente comme possible indicateur de la réponse immunitaire pour les sous-types H3 (six acides aminés en position 145, 155, 156, 158, 159 et 189)
((Abente EJ, Santos J, Lewis NS, Gauger PC, Stratton J, Skepner E, Anderson TK,
Rajao DS, Perez DR, Vincent AL. The Molecular Determinants of Antibody Recognition
and Antigenic Drift in the H3 Hemagglutinin of Swine Influenza A Virus. J Virol. 2016 Aug
26;90(18):8266-80)). 

===== Acides aminés critiques pour H1 et H3 (Stray) =====
Les trois laboratoires du Québec (Biovet, Demeter et FMV) ont utilisé la position des acides aminés critiques proposés par Stray et Pitmann 2012 ((Stray and Pittman Virology Journal 2012, 9:91)) comme possible indicateur de la réponse immunitaire 

**Épitopes et leurs acides aminés (H1)** 
  * Sa_H1 = [ 128, 129, 163, 165, 166, 167, 247, 248]
  * Sb_H1 = [156, 159, 189, 190, 192, 193, 196, 197, 198]
  * Ca1_H1 = [169, 173, 207, 212, 240, 241, 242, 243, 244, 245]
  * Ca2b_H1 = [132, 133, 140, 143,144, 145, 149, 224, 225]
  * Cb_H1 = [51, 74, 75, 77, 78, 79, 117, 149, 255, 256, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266]
  * H1C_H1 = [86, 272, 273,274,275,276,277, 279,280, 281,282, 286]

**Épitopes et leurs acides aminés (H3)** 
  * A_H3 = [121,122,123,124,125,126,127,129,131,132,133,134,135,136,137,138,140,142,143,144,145,146]
  * B_H3 = [155,156,157,158,159,160,186,188,189,190,192,193,194,196,197,198,199,246,247]
  * C_H3 = [49,50,53,54,271,273,275,276,278]
  * D_H3 = [167,201,202,203,204,205,206,207,214,216,217,218,219,220,222,223,225,226,227,242]
  * E_H3 = [62,63,75,78,79,80,81,82,83,91,92,94]

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===== Abréviation pour les acides aminés dans les analyses de séquences =====
 
Le tableau ci-dessous présente les codons d'ARN messager correspondant à chacun des 22 acides aminés protéinogènes [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Acide_amin%C3%A9_prot%C3%A9inog%C3%A8ne |Adaptation de Wikipédia]]. 

^ ^Abbrev.^^Codon(s)^Codons synonymes (n)^
|Alanine|A|Ala|GCU, GCC, GCA, GCG|  4  |
|Cysteine|C|Cys|UGU, UGC|  2  |
|Aspartic acid|D|Asp|GAU, GAC|  2  |
|Glutamic acid|E|Glu|GAA, GAG|  2  |
|Phenylalanine|F|Phe|UUU, UUC|  2  |
|Glycine|G|Gly|GGU, GGC, GGA, GGG|  4  |
|Histidine|H|His|CAU, CAC|  2  |
|Isoleucine|I|Ile|AUU, AUC, AUA|  3  |
|Lysine|K|Lys|AAA, AAG|  2  |
|Leucine|L|Leu|UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG|  6  |
|Methionine|M|Met|AUG|  1  |
|Asparagine|N|Asn|AAU, AAC|  2  |
|Pyrrolysine|O|Pyl|UAG avec élément PYLIS|  1  |
|Proline|P|Pro|CCU, CCC, CCA, CCG|  4  |
|Glutamine|Q|Gln|CAA, CAG|  2  |
|Arginine|R|Arg|CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG|  6  |
|Serine|S|Ser|UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC|  6  |
|Threonine|T|Thr|ACU, ACC, ACA, ACG|  4  |
|Selenocysteine|U|Sec|UGA avec élément SECIS|  1  |
|Valine|V|Val|GUU, GUC, GUA, GUG|  4  |
|Tryptophan|W|Trp|UGG|  1  |
|Tyrosine|Y|Tyr|UAU, UAC|  2  |
|Codon-Stop|-|Term|UAA, UAG, UGA|  3  |