Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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+++ outilocvipcdpq [2025/03/26 08:06] (Version actuelle) – Christian Klopfenstein
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 ===== Outil de Classification des Virus Influenza Porcins (OCVIP) =====
-[[http://octoflu.ca| "Hyperlien vers l'outil HAcladesCDPQ"]]
-[[https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php |Hyperlien vers le ISU Fluture "HA Identity tool"]]
+[[http://51.222.25.122/| "Hyperlien vers l'outil OCVIP du CDPQ"]]
-Une équipe de professionnel du Québec a développé un outil de classification des virus influenza porcin à partir de la séquence des nucléotides du gène HA. Cet outil est accessible en ligne [[http://octoflu.ca|]]. L'outil produit deux informations :
+Une équipe de professionnel du Québec a développé un outil de classification des virus influenza porcin à partir de la séquence des nucléotides du gène HA. Cet outil est accessible [[https://outil-influenzaporcin.quebec/| en ligne]] et c'est un outil qui est similaire à l'outil [[https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php |ISU Fluture "HA Identity tool"]] avec des adaptations pour la réalité du Québec.
-  - Identification du clade du gène HA du virus dans le système de classification Nord-Américain[[classification_virus| (voir ici)]].
+L'outil OCVIP du CDPQ produit deux informations :
+  - Identification du clade du gène HA du virus dans le système de classification Nord-Américain[[classification_virus2023| (voir ici)]].
   - Comparaison (% de similitude) avec la séquence du virus du même clade qui est dans le Vaccin Influenza Porcin Autogène Régional actuellement en vente .
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 L'outil de de classification du CDPQ est constitué de quatre modules:
-  - Un module de saisie des données des séquences des nucléotides (ACGT) de la protéine HA des virus influenza porcins est présenté sur la page d'accueil de l'outil de classification [[http://51.222.25.122| Octoflu QC]].
+  - Un module de saisie des données des séquences des nucléotides (ACGT) de la protéine HA des virus influenza porcins est présenté sur la page d'accueil de l'outil de classification [[https://outil-influenzaporcin.quebec/| OCVIP]].
   - Un module qui va soumettre la séquence saisie par le client à l'outil de classification des virus influenza porcin Octoflu ((Chang, J., Anderson, T.K., Zeller, M.A., Gauger, P.C., and Vincent, A.L. (2019). “octoFLU: Automated classification to evolutionary origin of influenza A virus gene sequences detected in U.S. swine” Microbiology Resource Announcements 8(32), e00673-19. L'outil est disponible en mode «Open Source» sur [[https://github.com/flu-crew/octoFLU|GitHUB]].)). Cet outil va identifier le clade du gène HA de la séquence soumise.
   - Après l'identification du virus, un autre programme de l'outil va estimer la similitude (homologie) de la souche soumise avec le virus correspondant dans le vaccin influenza porcin autogène régional. Si la famille du virus identifié par l'outil n'est pas dans le vaccin, le rapport indiquera le nom de la famille du virus avec la mention "Aucune homologie avec le vaccin".