Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- methodologie_portrait [2020/08/28 07:50] – Christian Klopfenstein
+++ methodologie_portrait [2023/09/24 14:09] (Version actuelle) – Christian Klopfenstein
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-===== Méthodologies =====
+===== Classification des virus (H1|H3) =====
 ==== Méthodes des sous-types (H|N) ====
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+===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====
+^  ^Clade H1^Clade H3^
+|1|H1-α|Human-like H3|
+|2|H1-β|Cluster IV|
+|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
+|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
+|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
+|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
+|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
+|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
+|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
+|10|  |H3-2010.2|
+|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|
+=== Références pour les clades H1 et H3 ===
+**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H1**
+Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.
-==== Clades pour les virus influenza porcins sous-types H1 ====
-Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.  Ces clades de référence pour H1 ([[influenza_abc_clades#principaux_clades_pour_les_sous-types_h1_et_h3 |voir tableau plus loin]])\\
 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16))\\
 [[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682218300436|Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States (2018)]]
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-==== Clades pour les virus influenza porcins sous-types H3 =====
+**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H3**
 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071/|Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016 (2019)]]
 ((Walia RR, Anderson TK, Vincent AL. Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016. Influenza Other Respir Viruses. 2019;13(3):262-273. doi:10.1111/irv.12559))
+----
 ===== Système de classification automatisé des séquences du virus influenza porcin (Octoflu) =====
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 [[https://mra.asm.org/content/8/32/e00673-19|Octoflu: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine (2019)]] ((Chang J, Anderson TK, Zeller MA, Gauger PC, Vincent AL. octoFLU: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine. Microbiol Resour Announc. 2019;8(32):e00673-19. Published 2019 Aug 8. doi:10.1128/MRA.00673-19))
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-===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====
-^  ^Clade H1^Clade H3^
-|1|H1-α|Human-like H3|
-|2|H1-β|Cluster IV|
-|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
-|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
-|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
-|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
-|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
-|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
-|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
-|10|  |H3-2010.2|
-|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|