Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- methodologie_portrait [2020/08/28 07:45] – Christian Klopfenstein
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-===== Méthodologies =====
+===== Classification des virus (H1|H3) =====
 ==== Méthodes des sous-types (H|N) ====
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+===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====
-===== Système de classification pour les virus influenza porcins sous-types H1 =====
+^  ^Clade H1^Clade H3^
-Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.  Ces clades de référence pour H1 ([[influenza_abc_clades#principaux_clades_pour_les_sous-types_h1_et_h3 |voir tableau plus loin]])
+|1|H1-α|Human-like H3|
+|2|H1-β|Cluster IV|
+|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
+|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
+|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
+|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
+|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
+|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
+|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
+|10|  |H3-2010.2|
+|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|
-[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16))\\
+=== Références pour les clades H1 et H3 ===
+**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H1**
+Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.
+[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16))\\
 [[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682218300436|Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States (2018)]]
 ((Rajao DS, Anderson TK, Kitikoon P, Stratton J, Lewis NS, Vincent AL. Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States. Virology. 2018;518:45-54. doi:10.1016/j.virol.2018.02.006))
+**Clades pour les virus influenza porcins sous-types H3**
 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071/|Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016 (2019)]]
 ((Walia RR, Anderson TK, Vincent AL. Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016. Influenza Other Respir Viruses. 2019;13(3):262-273. doi:10.1111/irv.12559))
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-===== Système de classification pour les virus influenza porcins sous-types H3 =====
+===== Système de classification automatisé des séquences du virus influenza porcin (Octoflu) =====
-[[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682218300436|Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States (2018)]]
-((Rajao DS, Anderson TK, Kitikoon P, Stratton J, Lewis NS, Vincent AL. Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States. Virology. 2018;518:45-54. doi:10.1016/j.virol.2018.02.006))
-===== Système de classification automatisé (Octoflu) =====
 Ce système de classification automatisé permet de classer les séquences de différents gènes des virus influenza dans différents arbres phylogénétiques (H1, H3, M, N1, N2, NP, NS, PA, PB1 et PB2). Le code source de l'outil octoflu est accessible à tous sur [[https://github.com/flu-crew/octoflu|GitHub]] et sur [[https://hub.docker.com/r/flucrew/octoflu|hub.docker]].
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 [[https://mra.asm.org/content/8/32/e00673-19|Octoflu: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine (2019)]] ((Chang J, Anderson TK, Zeller MA, Gauger PC, Vincent AL. octoFLU: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine. Microbiol Resour Announc. 2019;8(32):e00673-19. Published 2019 Aug 8. doi:10.1128/MRA.00673-19))
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-===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====
-^  ^Clade H1^Clade H3^
-|1|H1-α|Human-like H3|
-|2|H1-β|Cluster IV|
-|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
-|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
-|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
-|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
-|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
-|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
-|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
-|10|  |H3-2010.2|
-|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|