Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- influenza_abc_epitopes [2020/08/25 01:34] – créée Christian Klopfenstein
+++ influenza_abc_epitopes [2026/09/18 01:33] (Version actuelle) – Christian Klopfenstein
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-===== Épitopes =====
-Un épitope, aussi appelé déterminant antigénique, est une molécule qui peut être reconnue par un paratope (partie variable d'un anticorps ou d'un récepteur membranaire des lymphocytes B : BCR), pour déterminer si elle appartient au domaine du soi ou au domaine du non-soi. Un antigène est caractérisé par ses épitopes, si ses épitopes sont reconnus comme appartenant au non-soi alors il est lui-même immédiatement reconnu comme appartenant au non-soi. Cette reconnaissance épitope/paratope est donc à la base de la réponse immunitaire spécifique : elle permet la sélection clonale, c’est-à-dire la sélection des acteurs capables de s'attaquer spécifiquement à l'antigène correspondant à un épitope particulier [[https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89pitope|Wikipedia]].
+===== Épitopes de la protéine "hémagglutinine"   =====
-===== Épitopes influenza H1 (exemples) =====
+//Ce texte a été rédigé par Christian Klopfenstein avec les informations de Robert Charette et l'assitance de Google Gemini.  Les informations proviennent des articles en référence.//
-Pour chaque épitope, chaque numéro de la série de nombre représente la position d'un acide aminés sur la séquence du gène HA.
-**#Caton & Brownlee 1982, Cell 31:417-427**
+Un épitope (ou déterminant antigénique) est la région spécifique d'une macromolécule (généralement une protéine ou un polyoside) qui est reconnue de manière ciblée par le système immunitaire.
-  * Caton_epitope_Sa_H1 = [128, 129, 158,160,162,163, 165, 166, 167]
-  * Caton_epitope_Sb_H1 = [156,159,192, 193, 196, 198]
-  * Caton_epitope_Ca1_H1 = [169, 173, 207, 240]
-  * Caton_epitope_Ca2_H1 = [140, 143, 145, 224, 225]
-  * Caton_epitope_Cb_H1 = [78, 79, 81, 82, 83, 122]
-**# Browlee & Fodor 2001, Phil. Trans. R. Soc. Lond. B  356, 1871-1876, doi 10.1098/rstb.2001.1001**
+Les épitopes de la tête globulaire de l'hémagglutinine ont été identifié dans les années 1980 et ils sont aujourd'hui fréquemment utilisé  pour la sélection des vaccins influenza.
-  * Browlee_epitope_Sa_H1 = [128, 129, 156, 158, 159,160,162,163, 165, 166, 167]
-  * Browlee_epitope_Sb_H1 = [187,188,189,192, 193, 196, 198]
-  * Browlee_epitope_Ca1_H1 = [169, 170,171, 172,173,178, 206,207, 239,240]
-  * Browlee_epitope_Ca2_H1 = [140, 141,142,143,144, 145, 224, 225]
-  * Browlee_epitope_Cb_H1 = [78, 79, 80, 81, 82, 83, 122]
+  * **Sites A, B, C, D, E (H3)** : Établis par Wiley, Wilson et Skehel (1981) (Nature) grâce à la cristallographie aux rayons X et au séquençage de mutants d'échappement sélectionnés par anticorps monoclonaux.
+  * **Sites Sa, Sb, Ca1, Ca2, Cb (H1)** : Cartographiés par Gerhard, Yewdell et leurs collaborateurs (1981) (Nature / Journal of Experimental Medicine) selon la même approche expérimentale.
-**#Qi & Lu 2006.Genetic characterization of novel reassortant H1N2 influenza A viruses isolated from pigs in southeastern China. Arch Virol (2006) 151: 2289–2299, DOI 10.1007/s00705-006-0796-x**
-  * Qi_epitope_Sa_H1 = [121,124.125,154,155,157,158,159,160,161,162,163,164]
-  * Qi_epitope_Sb_H1 = [153,156,186,189,190,191,193,194,195]
-  * Qi_epitope_Ca_H1 = [137,138,1329,140,142,166,168,169,170,204,205,221,222,237]
-  * Qi_epitope_Cb_H1 = [69,70,71,72,73,74,75,115]
-**#Deem & Pan 2009. Protein Engineering, Design & Selection vol. 22 no. 9 pp. 543–546**
+----
-  * A (Sa) = [118, 120, 121, 122, 126, 127, 128, 129, 132, 133, 134, 135, 137, 139, 140, 141, 142, 143, 146, 147, 149, 165, 252, 253]
-  * B (Sb) =[124, 125, 15,2 153, 154, 155, 156, 157, 160, 162, 183, 184, 185, 186, 187, 189, 190, 191, 193, 194, 195, 196]
-  * C = [34, 35, 3,6 37, 38, 40, 41, 43, 44, 45, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 276, 277, 278, 283, 288, 292, 295, 297, 298, 302, 303, 305, 306, 307, 308, 309, 310]
-  * D (Ca) = [89, 94, 95, 96, 113, 117, 163, 164, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 176, 179, 198, 200, 202, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 235, 237, 241, 24,3 244, 245]
-  * E (Cb) = [47, 4,8 5, 51, 53, 54, 56, 57, 58, 66, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 78, 79, 80, 82, 83, 84, 85, 86, 102, 257, 258, 259, 260, 261, 263, 267]
+==== Adaptation par l'équipe du CDPQ  =====
+Les acides aminés représentés par ces épitopes sont retrouvés dans les rapports générés par l'outil OCVIP. A titre d'exemples voir: {{ :h1n1pan_vipar2026.pdf |H1N1pan_VIPAR2026}} et {{ :h3n2_2010.1_vipar2026.pdf |H3H2_2010.1_VIPAR2026.pdf}}
-**#Stray and Pittman Virology Journal 2012, 9:91 complete list**
+=== Épitopes retenus pour les H1 (nombre d'acides aminés) ===
-  * Stray_epitope_Sa_H1 = [ 128, 129, 163, 165, 166, 167, 247, 248]
+  - Sa (13 aa)
-  * Stray_epitope_Sb_H1 = [156, 159, 189, 190, 192, 193, 196, 197, 198]
+  - Sb (10 aa)
-  * Stray_epitope_Ca1_H1 = [169, 173, 207, 212, 240, 241, 242, 243, 244, 245]
+  - Ca1 (12 aa)
-  * Stray_epitope_Ca2b_H1 = [132, 133, 140, 143,144, 145, 149, 224, 225]
+  - Ca2 (8 aa)
-  * Stray_epitope_Cb_H1 = [51, 74, 75, 77, 78, 79, 117, 149, 255, 256, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266]
+  - Cb (6 aa)
-  * Stray_epitope_H1C_H1 = [86, 272, 273,274,275,276,277, 279,280, 281,282, 286]
+=== Épitopes retenu pour les H3 (nombre d'acides aminés) ===
+  - A (19 aa)
-**# Skowronski et al. 2014.   Journal of Infectious Diseases 210:126–37**
+  - B (22 aa)
+  - C (27 aa)
-  * Skowronski_epitope_Sa_H1 = [124,125,128,153,154,155,156,157,159,160,161,162,163,164]
+  - D (41 aa)
-  * Skowronski_epitope_Sb_H1 = [184,185,186,187,188,189,190,191,192, 193,194,195]
+  - E (22 aa)
-  * Skowronski_epitope_Ca1_H1 = [166,167,168,169,170,235,236,237]
-  * Skowronski_epitope_Ca2_H1 = [137,138,139,140, 141,142,221,222]
-  * Skowronski_epitope_Cb_H1 = [70,71,72,73,74,75]
 ----
-===== Épitopes influenza H3 (exemples) =====
+=== Références ===
-Pour chaque épitope, chaque numéro de la série de nombre représente la position d'un acide aminés sur la séquence du gène HA.
-**# Lee M, Chen JS. Predicting Antigenic Variants of Influenza A/H3N2 Viruses. Emerg Infect Dis. 2004;10(8):1385-1390. https://dx.doi.org/10.3201/eid1008.040107**
+Brownlee, G. G., et E. Fodor. 2001. « The Predicted Antigenicity of the Haemagglutinin of the 1918 Spanish Influenza Pandemic Suggests an Avian Origin ». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences 356 (1416): 1871‑76. https://doi.org/10.1098/rstb.2001.1001.
+Caton, Andrew J., George G. Brownlee, Jonathan W. Yewdell, et Walter Gerhard. 1982. « The antigenic structure of the influenza virus A/PR/8/34 hemagglutinin (H1 subtype) ». Cell 31 (2, Part 1): 417‑27. https://doi.org/10.1016/0092-8674(82)90135-0.
+Deem, M. W., et K. Pan. 2009. « The Epitope Regions of H1-Subtype Influenza A, with Application to Vaccine Efficacy ». Protein Engineering Design and Selection 22 (9): 543‑46. https://doi.org/10.1093/protein/gzp027.
+Lee, Min-Shi, et Jack Si-En Chen. 2004. « Predicting Antigenic Variants of Influenza A/H3N2 Viruses ». Emerging Infectious Diseases 10 (8): 1385‑90. https://doi.org/10.3201/eid1008.040107.
+Lees, William D., David S. Moss, et Adrian J. Shepherd. 2010. « A Computational Analysis of the Antigenic Properties of Haemagglutinin in Influenza A H3N2 ». Bioinformatics 26 (11): 1403‑8. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq160.
+Qi, X., et C. P. Lu. 2006. « Genetic Characterization of Novel Reassortant H1N2 Influenza A Viruses Isolated from Pigs in Southeastern China ». Archives of Virology 151 (11): 2289‑99. https://doi.org/10.1007/s00705-006-0796-x.
+Skowronski, Danuta M., Naveed Z. Janjua, Suzana Sabaiduc, et al. 2014. « Influenza A/Subtype and B/Lineage Effectiveness Estimates for the 2011–2012 Trivalent Vaccine: Cross-Season and Cross-Lineage Protection With Unchanged Vaccine ». The Journal of Infectious Diseases 210 (1): 126‑37. https://doi.org/10.1093/infdis/jiu048.
+Stray, Stephen J., et Lindsey B. Pittman. 2012. « Subtype- and Antigenic Site-Specific Differences in Biophysical Influences on Evolution of Influenza Virus Hemagglutinin ». Virology Journal 9 (1): 91. https://doi.org/10.1186/1743-422X-9-91.
-  * epitope_A_H3 = [122,124,126,130,131,132,133,135,137,138,140,142,143,144,145,146,150,152,168]
-  * epitope_B_H3 = [128,129,155,156,157,158,159,160,163,165,186,187,188,189,190,192,193,194,196,197,198]
-  * epitope_C_H3 = [44,45,46,47,48,50,51,53,54,273,275,276,278,279,280,294,297,299,300,304,305,307,308,309,310,311,312]
-  * epitope_D_H3 = [96,102,103,117,121,167,170,171,172,173,174,175,176,177,179,182,201,203,207,208,209,212,213,214,215,216,217,218,219,226,227,228,229,230,238,240,242,244,246,247,248]
-  * epitope_E_H3 = [57,59,62,63,67,75,78,80,81,82,83,86,87,88,91,92,94,109,260,261,262,265]
-**# Lee et al. 2010 BIOINFORMATICS 26:1403–1408 doi:10.1093/bioinformatics/btq160 241 residues**
-  * Lee_epitopeA = [71, 72, 98, 122, 124, 126,127, 130,131,132,133, 135,137, 138, 140, 141,142,143,144,145,146,148,149, 150,151,152, 168, 255]
-  * Lee_epitopeB = [128, 129, 155–160,161,162, 163,164,165,186,187,188,189,190, 192–194, 196,197,198,199]
-  * Lee_epitopeC = [41,42,43,44,45,46,47,48,49, 50, 51,52, 53, 54, 55,271,272,273,274, 275, 276, 278,280,282, 284,285, 287,288,289,290,291,292,293, 294,295,296, 297, 298,299, 300,301,303, 304, 305, 307,308,309,310,311,312, 313, 314]
-  * Lee_epitopeD = [95,96, 97,99,100,101, 102, 103, 104, 105, 107,117,118, 120, 121, 167, 166, 169,
-  * 170,171,172,173,174,175,176,177,178, 179, 180, 182,183,184, 200,201, 203,204,205,206,
-  * 207,208,209,210,211, 212,213, 214,215,216,217,218,219, 220,221,222,223,224,225,226,227,228,229,230,231,232,233,234,235,236,
-  * 238, 239,240, 242, 243,244,245, 246,247,248,248, 257,258]
-  * Lee_epitopeE = [56,57,58, 59, 60,62, 63,64, 65,67, 68,69,70,73,74,75, 76,77, 78,79,80,81,82,83,84,85, 86,87,88,89,90, 91, 92,  93,94,109, 110,11,112,113,114,115,119,259,260,261,262,263,264,  265, 267,268,269,270]
-**# Stray and Pittman 2012 Virology Journal 9:91**
-  * epitope_A_H3 = [121,122,123,124,125,126,127,129,131,132,133,134,135,136,137,138,140,142,143,144,145,146]
-  * epitope_B_H3 = [155,156,157,158,159,160,186,188,189,190,192,193,194,196,197,198,199,246,247]
-  * epitope_C_H3 = [49,50,53,54,271,273,275,276,278]
-  * epitope_D_H3 = [167,201,202,203,204,205,206,207,214,216,217,218,219,220,222,223,225,226,227,242]
-  * epitope_E_H3 = [62,63,75,78,79,80,81,82,83,91,92,94]
-**# Skowronski et al. 2014.   Journal of Infectious Diseases 210:126–37**
-  * epitope_A_H3 = [122,124,126,130,131,132,133,135,137,138,140,142,143,144,145,146,150,152,168]
-  * epitope_B_H3 = [128,129,155,156,157,158,159,160,163,164,165,186,187,188,189,190,192,193,194,196,197,198]
-  * epitope_C_H3 = [44,45,46,47,48,50,51,53,54,273,275,276,278,279,280,294,297,299,300,304,305,307,308,309,310,311,312]
-  * epitope_D_H3 = [96,102,103,117,121,167,170,171,172,173,174,175,176,177,179,182,201,203,207,208,209,212,213,214,215,216,217,218,219,226,227,228,229,230,238,240,242,244,246,247,248]
-  * epitope_E_H3 = [57,59,62,63,67,75,78,80,81,82,83,86,87,88,91,92,94,109,260,261,262,265]
-**#Pepitope calculator  http://www.mwdeem.rice.edu/pepitope/**
-  * epitopeA = [122, 124, 126, 130, 131, 132, 133, 135, 137, 138, 140, 142, 143, 144, 145, 146, 150, 152, 168]
-  * epitopeB = [128,129,155,156,157,158,159,160,163,165,186,187,188,189,190,192,193,194,196,197,198]
-  * epitopeC = [44,45,46,47,48,50,51,53,54,273,275,276,278,279,280,294,297,299,300,304,305,307,308,309,310,311,312]
-  * epitopeD = [96,	102,103,117,121,167,170,171,172,173,174,175,176,177,179,182,201,203,207,208,209,212,213,214,215,216,217,218,219,226,227,228,229,230,238,240,242,244,246,247,248]
-  * epitopeE = [57,59,62,63,67,75,78,80,81,82,83,86,87,88,91,92,94,109,260,261,262,265]