Différences

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--- influenza_abc_clades [2020/10/22 15:40] – Christian Klopfenstein
+++ influenza_abc_clades [2023/09/25 15:23] (Version actuelle) – [Évolution des lignes et des clades aux États-Unis] Christian Klopfenstein
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 Le texte qui suit est une traduction du CDPQ des deux premiers paragraphes de l'introduction de l'article [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071|«Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016»]] rédigé par Rasna R. Walia,  Tavis K. Anderson, et Amy L. Vincent (2019) et partagé en ligne sur le site du [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/|«National Center for Biotechnology Information (NCBI)»]] sous licence [[https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.fr|(CC BY) 4.0 de Creative Commons]].
-//Chez le porc aux États-Unis, cinq lignées génétiques majeures H1 et H3 ont été décrites. La première lignée de virus circulant chez les porcs américains a émergé en même temps que la pandémie humaine de 1918 et est appelée H1N1 classique. Cette lignée était prédominante et relativement conservée jusqu'à la fin des années 1990, lorsqu'une deuxième lignée a été détectée chez les porcs. La deuxième lignée était un nouveau virus H3N2 triple-réassortant, et en plus d'être maintenu chez le porc américain lui-même, il a également été réassorti avec des virus H1N1 classiques endémiques, résultant en de nouveaux clades génétiques de virus H1N1 et H1N2. Bien que le réassortiment de HA et / ou les segments NA ont été couramment détectés, le modèle de gène interne a été maintenu, appelé constellation du gène interne triple réassortant (TRIG ). La troisième lignée de virus qui s'est établie chez les porcs américains était le résultat de deux dérivés de virus H1 saisonniers humains; ceux-ci sont appelés virus de la lignée delta. Le quatrième est la lignée de virus H1N1pdm09, qui a été introduite à plusieurs reprises dans les troupeaux de porcs à travers le monde et a subi un réassortiment avec d'autres virus influenza porcins. Un autre effet de propagation du H3 des humains aux porcs au début des années 2010 a abouti à la création la plus récente d'une nouvelle lignée. Compte tenu de l'expansion substantielle de la diversité génétique au sein de chacune de ces lignées, il est devenu nécessaire de diviser davantage les gènes HA en 14 gènes génétiques. clades: 5 clades de virus de la lignée porcine classique (H1-α, H1-β, H1-γ1, H1-γ2 et H1N1pdm09); 2 clades de virus de la lignée δ (H1-δ1 et H1-δ2); 6 clades de la lignée H3 des années 1990 (IV, IV-A, IV-B, IV-C, IV-D, IV-E et IV-F); et 1 clade dans la lignée H3 des années 2010 (H3 de type humain). Cette nomenclature est principalement pertinente aux États-Unis, mais les clades H1 décrits ci-dessus correspondent à un système de dénomination alphanumérique global récemment publié pour les gènes H1 HA (H1-α = 1A.1 et 1A.1.1; H1-β = 1A.2; H1 ‐ γ = 1A.3.3.3; H1 ‐ γ2 = 1A.3.2; H1N1pdm09 = 1A.3.3.2; H1 ‐ δ1 = 1B.2.2, 1B.2.2.1 et 1B.2.2.2; et H1‐ δ2 = 1B.2.1) (([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16)).//
+//Chez le porc aux États-Unis, cinq lignées génétiques majeures H1 et H3 ont été décrites. La première lignée de virus circulant chez les porcs américains a émergé en même temps que la pandémie humaine de 1918 et est appelée H1N1 classique. Cette lignée était prédominante et relativement conservée jusqu'à la fin des années 1990, lorsqu'une deuxième lignée a été détectée chez les porcs. La deuxième lignée était un nouveau virus H3N2 triple-recombinant, et en plus d'être maintenu chez le porc américain lui-même, il a également été recombiné avec des virus H1N1 classiques endémiques, résultant en de nouveaux clades génétiques de virus H1N1 et H1N2.
+Bien que le réassortiment de HA et/ou les segments NA ont été couramment détectés, la structure des autres six gènes a été maintenue.  Ces recombinaisons entre les gènes HA, NA et les autres gènes a été décrite comme la constellation des recombinaisons (TRIG). La troisième lignée de virus qui s'est établie chez les porcs américains était le résultat de deux dérivés de virus H1 saisonniers humains; ceux-ci sont appelés virus de la lignée delta. Le quatrième est la lignée de virus H1N1pdm09, qui a été introduite à plusieurs reprises dans les troupeaux de porcs à travers le monde et a subi une recombinaison avec d'autres virus influenza porcins. Un autre effet de propagation du H3 des humains aux porcs au début des années 2010 a abouti à la création plus récente d'une nouvelle lignée. Compte tenu de l'expansion substantielle de la diversité génétique au sein de chacune de ces lignées, il est devenu nécessaire de diviser davantage les gènes HA en 14 clades: 5 clades de virus de la lignée porcine classique (H1-α, H1-β, H1-γ1, H1-γ2 et H1N1pdm09); 2 clades de virus de la lignée δ (H1-δ1 et H1-δ2); 6 clades de la lignée H3 des années 1990 (IV, IV-A, IV-B, IV-C, IV-D, IV-E et IV-F); et 1 clade dans la lignée H3 des années 2010 (H3 de type humain). Cette nomenclature est principalement pertinente aux États-Unis, mais les clades H1 décrits ci-dessus correspondent à un système de dénomination alphanumérique global récemment publié pour les gènes H1 HA (H1-α = 1A.1 et 1A.1.1; H1-β = 1A.2; H1 ‐ γ = 1A.3.3.3; H1 ‐ γ2 = 1A.3.2; H1N1pdm09 = 1A.3.3.2; H1 ‐ δ1 = 1B.2.2, 1B.2.2.1 et 1B.2.2.2; et H1‐ δ2 = 1B.2.1) (([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]]. Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16)).//
-Recombinant ou réassortant