Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- influenza_abc_clades [2020/08/28 07:32] – [Clades et lignée] Christian Klopfenstein
+++ influenza_abc_clades [2023/09/25 15:23] (Version actuelle) – [Évolution des lignes et des clades aux États-Unis] Christian Klopfenstein
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-===== Clades et lignée =====
+===== Clades et lignées =====
-//Le clade est l’unité de base de la classification phylogénétique (voir aussi cladistique). Le statut des clades varie en fonction de la version du cladisme adoptée par l'auteur d'une classification : certains proposent de traiter les clades comme des taxons de la tradition linnéenne en leur assignant des rangs taxonomiques (classes, ordres, familles, etc.), tandis que d'autres rejettent cette idée et souhaitent plutôt une liste indentée de noms de clades dépourvus de rangs. Un clade regroupe ainsi un ancêtre et l’ensemble de ses descendants, il représente donc une totalité de descendance. La classification phylogénétique du vivant actuelle reconnait majoritairement des clades// [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Clade#D%C3%A9finition|Definition de Wikipédia]].
+//Le clade est l’unité de base de la classification phylogénétique (voir aussi cladistique). Le statut des clades varie en fonction de la version du cladisme adoptée par l'auteur d'une classification : certains proposent de traiter les clades comme des taxons de la tradition linnéenne en leur assignant des rangs taxonomiques (classes, ordres, familles, etc.), tandis que d'autres rejettent cette idée et souhaitent plutôt une liste indentée de noms de clades dépourvus de rangs. Un clade regroupe ainsi un ancêtre et l’ensemble de ses descendants, il représente donc une totalité de descendance. La classification phylogénétique du vivant actuelle reconnaît majoritairement des clades// [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Clade#D%C3%A9finition|Définition de Wikipédia]].
-De façon générale, la lignée génétique est souvent décrite comme l'ensemble des variants génétiques qui dérivent d'un ancêtre communs.  Ces variants génétiques peuvent être classifiées en groupes et, dans le cas de l'influenza, ces groupes ont été nommé pour simplifier la compréhension et l'étude de la diversité génétique.
+De façon générale, la lignée génétique est souvent décrite comme l'ensemble des variants génétiques qui dérivent d'un ancêtre commun.  Ces variants génétiques peuvent être classifiées en groupes et, dans le cas de l'influenza, ces groupes ont été nommés pour simplifier la compréhension et l'étude de la diversité génétique.
 ===== Évolution des clades des différentes lignées au Québec et au Canada =====
-L'évolution phylogénétiques des virus influenza porcin du Québec et du Canada n'est pas bien connue et, on assume habituellement que cette évolution est similaire à celle qui est observée et rapportée dans la population porcine aux États-Unis. Le travail réalisé dans le cadre de ce projet suggèrent que les populations porcines du Québec et du Canada sont exposées aux mêmes lignées de virus mais pas nécessairement à l'ensemble des variants génétiques regroupés dans les divers clades.
+L'évolution phylogénétique des virus influenza porcins du Québec et du Canada n'est pas bien connue et on assume habituellement que cette évolution est similaire à celle qui est observée et rapportée dans la population porcine aux États-Unis. Le travail réalisé dans le cadre de ce projet suggère que les populations porcines du Québec et du Canada sont exposées aux mêmes lignées de virus, mais pas nécessairement à l'ensemble des variants génétiques regroupés dans les divers clades.
 ===== Évolution des lignes et des clades aux États-Unis =====
-Le texte qui suit est une traduction du CDPQ des deux premiers paragraphes de l'introduction de l'article [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071/#irv12559-bib-0019|«Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016»]] rédigé par Rasna R. Walia,  Tavis K. Anderson, et Amy L. Vincent (2019) et partagé en ligne sur le site du [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/|«National Center for Biotechnology Information (NCBI)»]] sous licence [[https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.fr|(CC BY) 4.0 de Creative Commons]].
+Le texte qui suit est une traduction du CDPQ des deux premiers paragraphes de l'introduction de l'article [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6468071|«Regional patterns of genetic diversity in swine influenza A viruses in the United States from 2010 to 2016»]] rédigé par Rasna R. Walia,  Tavis K. Anderson, et Amy L. Vincent (2019) et partagé en ligne sur le site du [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/|«National Center for Biotechnology Information (NCBI)»]] sous licence [[https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.fr|(CC BY) 4.0 de Creative Commons]].
-//Chez le porc aux États-Unis, cinq lignées génétiques majeures H1 et H3 ont été décrites. La première lignée de virus circulant chez les porcs américains a émergé en même temps que la pandémie humaine de 1918 et est appelée H1N1 classique. Cette lignée était prédominante et relativement conservée jusqu'à la fin des années 1990, lorsqu'une deuxième lignée a été détectée chez les porcs. La deuxième lignée était un nouveau virus H3N2 triple-réassortant, et en plus d'être maintenu chez le porc américain lui-même, il a également été réassorti avec des virus H1N1 classiques endémiques, résultant en de nouveaux clades génétiques de virus H1N1 et H1N2. Bien que le réassortiment de HA et / ou les segments NA ont été couramment détectés, le modèle de gène interne a été maintenu, appelé constellation du gène interne triple réassortant (TRIG ). La troisième lignée de virus qui s'est établie chez les porcs américains était le résultat de deux dérivés de virus H1 saisonniers humains; ceux-ci sont appelés virus de la lignée delta. Le quatrième est la lignée de virus H1N1pdm09, qui a été introduite à plusieurs reprises dans les troupeaux de porcs à travers le monde et a subi un réassortiment avec d'autres virus influenza porcins. Un autre effet de propagation du H3 des humains aux porcs au début des années 2010 a abouti à la création la plus récente d'une nouvelle lignée. Compte tenu de l'expansion substantielle de la diversité génétique au sein de chacune de ces lignées, il est devenu nécessaire de diviser davantage les gènes HA en 14 gènes génétiques. clades: 5 clades de virus de la lignée porcine classique (H1-α, H1-β, H1-γ1, H1-γ2 et H1N1pdm09); 2 clades de virus de la lignée δ (H1-δ1 et H1-δ2); 6 clades de la lignée H3 des années 1990 (IV, IV-A, IV-B, IV-C, IV-D, IV-E et IV-F); et 1 clade dans la lignée H3 des années 2010 (H3 de type humain). Cette nomenclature est principalement pertinente aux États-Unis, mais les clades H1 décrits ci-dessus correspondent à un système de dénomination alphanumérique global récemment publié pour les gènes H1 HA (H1-α = 1A.1 et 1A.1.1; H1-β = 1A.2; H1 ‐ γ = 1A.3.3.3; H1 ‐ γ2 = 1A.3.2; H1N1pdm09 = 1A.3.3.2; H1 ‐ δ1 = 1B.2.2, 1B.2.2.1 et 1B.2.2.2; et H1‐ δ2 = 1B.2.1) (([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16)).//
+//Chez le porc aux États-Unis, cinq lignées génétiques majeures H1 et H3 ont été décrites. La première lignée de virus circulant chez les porcs américains a émergé en même temps que la pandémie humaine de 1918 et est appelée H1N1 classique. Cette lignée était prédominante et relativement conservée jusqu'à la fin des années 1990, lorsqu'une deuxième lignée a été détectée chez les porcs. La deuxième lignée était un nouveau virus H3N2 triple-recombinant, et en plus d'être maintenu chez le porc américain lui-même, il a également été recombiné avec des virus H1N1 classiques endémiques, résultant en de nouveaux clades génétiques de virus H1N1 et H1N2.
+Bien que le réassortiment de HA et/ou les segments NA ont été couramment détectés, la structure des autres six gènes a été maintenue.  Ces recombinaisons entre les gènes HA, NA et les autres gènes a été décrite comme la constellation des recombinaisons (TRIG). La troisième lignée de virus qui s'est établie chez les porcs américains était le résultat de deux dérivés de virus H1 saisonniers humains; ceux-ci sont appelés virus de la lignée delta. Le quatrième est la lignée de virus H1N1pdm09, qui a été introduite à plusieurs reprises dans les troupeaux de porcs à travers le monde et a subi une recombinaison avec d'autres virus influenza porcins. Un autre effet de propagation du H3 des humains aux porcs au début des années 2010 a abouti à la création plus récente d'une nouvelle lignée. Compte tenu de l'expansion substantielle de la diversité génétique au sein de chacune de ces lignées, il est devenu nécessaire de diviser davantage les gènes HA en 14 clades: 5 clades de virus de la lignée porcine classique (H1-α, H1-β, H1-γ1, H1-γ2 et H1N1pdm09); 2 clades de virus de la lignée δ (H1-δ1 et H1-δ2); 6 clades de la lignée H3 des années 1990 (IV, IV-A, IV-B, IV-C, IV-D, IV-E et IV-F); et 1 clade dans la lignée H3 des années 2010 (H3 de type humain). Cette nomenclature est principalement pertinente aux États-Unis, mais les clades H1 décrits ci-dessus correspondent à un système de dénomination alphanumérique global récemment publié pour les gènes H1 HA (H1-α = 1A.1 et 1A.1.1; H1-β = 1A.2; H1 ‐ γ = 1A.3.3.3; H1 ‐ γ2 = 1A.3.2; H1N1pdm09 = 1A.3.3.2; H1 ‐ δ1 = 1B.2.2, 1B.2.2.1 et 1B.2.2.2; et H1‐ δ2 = 1B.2.1) (([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]]. Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16)).//
-===== Ailleurs =====
-Cette classification est basée sur le séquençage du gène HA (≈ 1700 bases) et elle est utilisée par plusieurs laboratoires américains et canadiens. Ce système de classification des virus influenza porcins s'inscrit dans la démarche d'un consortium international qui relève de l'Organisation mondiale de la Santé animale (OIE). Ce consortium a été mis sur pied pour donner suite à la dispersion du virus porcin pandémique en 2009.
-[[http://www.offlu.net/|Réseau scientifique mondial OIE/FAO pour le contrôle des grippes animales (OFFLU)]]
-Les clades de référence pour les sous-types de virus H1 et H3 sont décrits dans les articles scientifiques suivants.
-----
-===== Système de classification pour les virus influenza porcins sous-types H1 =====
-Les articles suivants décrivent les principaux clades de référence pour le sous-type H1 du virus influenza porcin.  Ces clades de référence pour H1 ([[influenza_abc_clades#principaux_clades_pour_les_sous-types_h1_et_h3 |voir tableau plus loin]])
-[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5156671/|A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses (2016)]] ((Anderson TK, Macken CA, Lewis NS, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. mSphere. 2016;1(6):e00275-16. Published 2016 Dec 14. doi:10.1128/mSphere.00275-16))\\
-[[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682218300436|Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States (2018)]]
-((Rajao DS, Anderson TK, Kitikoon P, Stratton J, Lewis NS, Vincent AL. Antigenic and genetic evolution of contemporary swine H1 influenza viruses in the United States. Virology. 2018;518:45-54. doi:10.1016/j.virol.2018.02.006))
-===== Système de classification pour les virus influenza porcins sous-types H3 =====
-===== Système de classification automatisé (Octoflu) =====
-Ce système de classification automatisé permet de classer les séquences de différents gènes des virus influenza dans différents arbres phylogénétiques (H1, H3, M, N1, N2, NP, NS, PA, PB1 et PB2). Le code source de l'outil octoflu est accessible à tous sur [[https://github.com/flu-crew/octoflu|GitHub]] et sur [[https://hub.docker.com/r/flucrew/octoflu|hub.docker]].
-[[https://mra.asm.org/content/8/32/e00673-19|Octoflu: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine (2019)]] ((Chang J, Anderson TK, Zeller MA, Gauger PC, Vincent AL. octoFLU: Automated Classification for the Evolutionary Origin of Influenza A Virus Gene Sequences Detected in U.S. Swine. Microbiol Resour Announc. 2019;8(32):e00673-19. Published 2019 Aug 8. doi:10.1128/MRA.00673-19))
-===== Outils de classification accessibles en lignes =====
-**ISU Fluture**
-Cet outil est disponible en ligne sur le site de Iowa State University. Cet outil permet de classifier les séquences de la protéine HA des sous-types H1 et H3 des virus influenza porcin.
-[[https://influenza.cvm.iastate.edu/identity.php | HA Identity tool]]
-**Swine H1 Clade Classification Tool**
-Cet outil est disponible en ligne sur le site fludb.org. Cet outil permet de classifier les séquences de la protéine HA des sous-type H1 des virus influenza porcin.
-----
-===== Principaux clades pour les sous-types H1 et H3 (1-8) =====
-^  ^Clade H1^Clade H3^
-|1|H1-α|Human-like H3|
-|2|H1-β|Cluster IV|
-|3|H1-γ1|Cluster IV-A|
-|4|H1-γ2|Cluster IV-B|
-|5|H1-pdm09|Cluster IV-C|
-|6|H1-δ1a|Cluster IV-D|
-|7|H1-δ1b|Cluster IV-E|
-|8|H1-δ2|Cluster IV-F|
-|9|H1-γ2-βlike (vaccin vivant atténué)|H3-2010.1|
-|10|  |H3-2010.2|
-|11|  |H3-CI (vaccin vivant atténué)|